C’était un enfant de sept ans, dans un village du Rajasthan, admis en urgence dans un état de fièvre intense et de convulsions. Les médecins ont d’abord pensé à un accès palustre classique. Trois jours plus tard, le diagnostic tombait : encéphalite japonaise. Le garçon a survécu, mais avec des séquelles neurologiques permanentes. Ce type de cas, documenté par l’Organisation mondiale de la santé, illustre la brutalité d’une maladie qui tue entre 13 500 et 20 000 personnes par an dans le monde, selon les estimations de l’OMS publiées dans son aide-mémoire de référence sur la maladie.
Longtemps cantonnée aux rizières d’Asie du Sud-Est et du Pacifique occidental, l’encéphalite japonaise étend progressivement son aire de circulation géographique. Des cas ont été signalés dans des zones auparavant indemnes, et le moustique vecteur — Culex tritaeniorhynchus — s’adapte à des environnements nouveaux sous l’effet des modifications climatiques. La question qui préoccupe les épidémiologistes n’est plus seulement de savoir où la maladie sévit, mais jusqu’où elle peut encore aller.
Un virus qui s’installe là où l’eau stagne et les porcs vivent près des humains
L’encéphalite japonaise est causée par le virus JEV, un flavivirus de la même famille que la dengue ou le virus West Nile. La transmission suit un cycle précis : le moustique Culex s’infecte en piquant des oiseaux aquatiques ou des porcs — les réservoirs animaux du virus — puis transmet le pathogène à l’homme lors d’une piqûre. L’être humain est une impasse épidémiologique : il ne développe pas une virémie suffisante pour recontaminer les moustiques.
Ce cycle explique pourquoi la maladie touche en priorité les zones rurales où coexistent élevages porcins, rizières irriguées et populations humaines. En Asie du Sud, des régions entières vivent sous cette menace de façon saisonnière, avec des pics épidémiques liés aux saisons des pluies. Selon les données de l’OMS, 24 pays d’Asie et du Pacifique occidental sont considérés comme endémiques.
Pourquoi la maladie « gagne du terrain » : ce que montrent les données récentes
Le terme « gagne du terrain » recouvre deux réalités distinctes. La première est géographique : des cas d’encéphalite japonaise ont été détectés dans des pays ou des régions qui n’en signalaient pas auparavant, dont des zones d’Australie, en particulier dans les États du Queensland et de Nouvelle-Galles du Sud, où une flambée a été officiellement documentée à partir de 2022 par l’Autorité australienne de protection des frontières biosécuritaires. La seconde réalité est climatique : le réchauffement prolonge les saisons propices à la reproduction des moustiques vecteurs et favorise leur implantation à des altitudes ou des latitudes plus élevées.
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Pour la France, le risque direct reste aujourd’hui très limité : le territoire métropolitain n’abrite pas Culex tritaeniorhynchus de manière établie. En revanche, Santé publique France rappelle que des voyageurs se rendant dans des zones endémiques d’Asie peuvent être exposés, et que la vigilance s’impose particulièrement en été, lors des séjours prolongés en milieu rural.
Une maladie qui tue ou invalide : les chiffres que les autorités sanitaires retiennent
La létalité de l’encéphalite japonaise atteint 20 à 30 % chez les patients qui développent une forme symptomatique sévère, selon l’OMS. Parmi les survivants, 30 à 50 % conservent des séquelles neurologiques ou psychiatriques durables : paralysies, épilepsie, troubles du comportement, retard mental. Ces proportions font de cette maladie l’une des encéphalites virales les plus invalidantes au monde.
Seule une minorité des personnes infectées — environ 1 sur 250 — développe une maladie clinique. Les autres présentent une infection asymptomatique ou un épisode fébrile bénin. Mais ce ratio masque l’ampleur réelle du problème dans les zones à forte pression de transmission, où des milliers d’infections surviennent chaque année.
Un vaccin existe : pourquoi sa couverture reste insuffisante dans les pays les plus touchés
Un vaccin efficace contre l’encéphalite japonaise est disponible depuis les années 1960. Plusieurs formulations existent aujourd’hui, dont le vaccin inactivé IXIARO, utilisé en Europe et recommandé par le Haut Conseil de la santé publique pour les voyageurs français se rendant dans des zones à risque lors de séjours de plus d’un mois, ou lors de courts séjours en milieu rural pendant la saison de transmission.
Pourtant, la couverture vaccinale reste insuffisante dans de nombreux pays endémiques. Selon l’OMS, le coût, la logistique de la chaîne du froid et le manque de sensibilisation des populations rurales freinent encore l’accès à la vaccination. Des programmes nationaux ont été déployés en Inde, au Vietnam ou en Thaïlande, mais avec des disparités importantes entre les zones urbaines et les campagnes les plus reculées.
Ce que recommande Santé publique France aux voyageurs cet été 2026
À l’approche de la saison estivale, Santé publique France maintient ses recommandations aux personnes qui prévoient un voyage en Asie du Sud ou du Sud-Est. Les conseils portent sur quatre points essentiels :
- Consulter un médecin ou un centre de vaccination internationale au moins quatre semaines avant le départ pour évaluer l’indication vaccinale.
- Utiliser des répulsifs cutanés homologués contenant du DEET ou de l’icaridine, en particulier à l’aube et au crépuscule, quand Culex est le plus actif.
- Dormir sous une moustiquaire imprégnée dans les zones rurales, notamment à proximité de rizières ou d’élevages.
- Signaler tout épisode de fièvre accompagné de signes neurologiques dans les semaines suivant le retour, en mentionnant le pays visité.
Le délai entre la piqûre infectante et l’apparition des symptômes est de 5 à 15 jours. Ce délai d’incubation signifie que les voyageurs peuvent être de retour en France lorsque les premiers signes se manifestent, ce qui complique le diagnostic si le médecin consulté n’est pas informé du voyage.
L’extension géographique du virus : ce que les scientifiques surveillent désormais en Europe
Si l’Europe continentale n’est pas aujourd’hui concernée par la circulation endémique du virus JEV, plusieurs équipes de recherche surveillent l’évolution de la présence de moustiques du genre Culex sur le continent. L’Institut Pasteur coordonne des programmes de veille entomologique qui intègrent désormais le risque lié aux flavivirus, aux côtés du virus West Nile — déjà détecté dans le sud de la France lors des étés 2023 et 2024.
« Le précédent australien montre qu’un virus comme JEV peut s’implanter dans une région qui se croyait protégée par sa géographie », a déclaré un responsable du département des maladies infectieuses de l’Institut Pasteur lors d’une conférence de veille sanitaire tenue à Paris en janvier 2025. Cette vigilance n’est pas alarmisme : c’est de l’épidémiologie préventive à l’heure où les frontières biologiques se déplacent plus vite que les dispositifs de réponse.
Les prochains rapports de l’ECDC — le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies, basé à Stockholm — devraient préciser d’ici la fin de l’année 2026 si le profil de risque pour l’Europe méridionale évolue, une révision que les autorités sanitaires françaises attendent avec attention.
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